Добрый день!
В соответствии с международными договорами Российской Федерации освобождены от постановки на учет по месту пребывания: граждане Украины и граждане Республики Беларусь – в течение 90 дней, граждане Республики Армения, Республики Казахстан и Кыргызской Республики – 30 дней, граждане Республики Таджикистан – 15 дней с даты въезда в Российскую Федерацию.
В основном все иностранцы должны быть поставлены на миграционный учет по месту пребывания не позднее 7 дней после прибытия, но есть исключения для граждан стран из ЕАЭС и граждан Таджикистана. На миграционный учет граждан Белоруссии, Армении, Казахстана и Киргизии отводится 30 дней, для граждан Таджикистана — 15 дней.
Первичный миграционный учет иностранных граждан (первичная регистрация) делается на срок пребывания до 90 суток, вне зависимости от гражданства иностранца. Это дает иностранцу право находиться на территории России до 90 суток. То есть, встав на миграционный учет, иностранный гражданин может находиться в России безвыездно не более 3 месяцев со дня въезда в РФ.
После истечения 90 суток иностранный гражданин обязан либо выехать за пределы РФ на 3 месяца, либо продлить регистрацию. Поэтому в Вашем случае, был получен отказ, поскольку он выехал не на 3 месяца.