На момент выделения маткапила семья состояла из отца ( иностранец из недружественной страны), мать -гр.РФ, дети -гр.РФ

Добрый день!
Данный вопрос регулируется Федеральным законом от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей, в соответствии с ним следует:

Право на дополнительные меры государственной поддержки возникает при рождении (усыновлении) ребенка (детей), приобретшего (приобретших) гражданство Российской Федерации по рождению, у следующих лиц, имеющих гражданство Российской Федерации на день рождения ребенка, независимо от их места жительства:

В статье 3 этого закона указаны лица, которые не имеют право на МК:

При возникновении права на дополнительные меры государственной поддержки лиц, указанных в части 1 настоящей статьи, не учитываются дети, в отношении которых данные лица были лишены родительских прав или в отношении которых было отменено усыновление, дети, оставленные данными лицами в родильном доме (отделении) или иной медицинской организации, дети, в отношении которых имеется письменное согласие матери на их усыновление (за исключением согласия на их усыновление отчимом), ребенок (дети), не приобретший (не приобретшие) гражданства Российской Федерации по рождению, а также усыновленные дети, которые на момент усыновления являлись пасынками или падчерицами данных лиц.

Условия, при котором право на МК отсутствует или прекращается в данной статьей отсутствует при отказе от гражданства. 
На момент рождения детей, гражданство приобретено, право на поддержку у Вас было. 

Здравствуйте!

Всем членам семьи необходимо выделить доли путем оформления квартиры в общую долевую собственность всех членов семьи. Согласно ч. 4 ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ

 Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

По срокам оформления квартиры необходимо руководствоваться Постановлением Правительства РФ от 12.12.2007 N 862  «О Правилах направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий» 

Можете подробнее ознакомиться по данной ссылке

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_73468/41ab14163ba68ffe1e18d73bd1c86416348416a3/

Но мать и дети отказались от гражданства РФ и приобрели гражданство недружественной страны.

Это обстоятельство не влияется на обязанность по оформлению жилого помещения, приобретенного с помощью средств мат. капитала в общую долевую собственность всех членов семьи. 

Право возникло у матери детей, согласно ст. 3 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ и обязанность по оформлению жилого помещения в долевую собственность необходимо реализовать.