Банкротство банка

Сейчас приходит время отчетности и оплаты налогов.Как мне поступить? 

Предоставлять отчетность и платить налоги

Должна ли я уведомить налоговую о «закрытии» расчетного счета?

Отзыв у банка лицензии не является основанием расторжения договор банковского счета, следовательно не возникает обязанность сообщать в ФНС, пенсион.фонд о закрытии счета.

И имеет ли смысл подавать заявление в мастер-банк с просьбой вернуть деньги?

Имеет, но срок возврата на основании п.1.1. Указание Банка России от 05.07.2007 № 1853-У
(ред. от 27.05.2008)
«Об особенностях осуществления кредитной организацией расчетных
операций после отзыва лицензии на осуществление банковских операций и о
счетах, используемых конкурсным управляющим (ликвидатором,
ликвидационной комиссией)»
(Зарегистрировано в Минюсте РФ 23.07.2007 № 9875)
наступает согласно п 1.1.

1.1. Со дня отзыва у кредитной организации лицензии и до дня вступления в
силу решения арбитражного суда о признании кредитной организации
несостоятельной (банкротом) или о ее ликвидации кредитная организация, у
которой отозвана лицензия (далее — ликвидируемая кредитная
организация), (ее филиал) прекращает операции по счетам клиентов,
кредитные организации-корреспонденты, подразделения расчетной сети Банка
России прекращают операции по корреспондентским счетам (субсчетам)
ликвидируемой кредитной организации (ее филиала), кроме случаев,
предусмотренных частями 10 — 12 статьи 20 Федерального закона «О банках и
банковской деятельности».

Хочу дополнить, что отзыв лицензии у банка не может  исключить Вашу ответственность за несвоевременную сдачу отчетности и перечисление налогов и платежей (кроме исключений, когда до отзыва лицензии уже было направлено в банк платежное поручение, средства имелись на р/счете, но ден.средства по вине банка не были перечислены)