Можно ли в данной ситуации что-то сделать?

Здравствуйте,

Вас неправильно проинформировало агентство.

Так как Вы квартирой владели менее минимального срока владения — 3 года, при условии что это Ваше единственное жилье на момент продажи, то у Вас возникает налог 13% НДФЛ с дохода от продажи( ст 217 НК РФ). 

Полученный доход можно меньшить на расход по этой же квартире. Что сказано в ст 220 НК РФ

2) вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества....

О чем Вам налоговая и говорит

Сумма продажи квартиры (минус) сумма покупки/13%

Здравствуйте!

то что агентство Вас ввело в заблуждение не освобождает от ответственности, поэтом надо сдать декларацию и платить недоимку по НДФЛ с пени, если требуется.

налоговую базу можете уменьшить за счет налоговых вычетов, в частности на 1 млн. рублей (пп.1 п.1 ст.220 НК) либо уменьшить доход на расходы (пп.2 п.2 ст.220 НК).

также, если ранее не использовали право на имущественный налоговый вычет в связи с приобретением жилья по пп.3 п.1 ст.220 НК (в размере не более 2 млн. рублей) и/или ипотеке по пп.4 п.1 ст.220 НК (в размере не более 3 млн. рублей), то еще и за счет них можете уменьшить свою налоговую базу.