Доплатить в банк за два года или может быть Министерство обороны могут погасить остаток?

Добрый день. В данном случае Вам  будет необходимо погашать кредит самостоятельно, так как после исключения из списков части погашение кредитных обязательств прекратится, а прав на доп. средства у Вас не будет, так как выслуга будет более 20 лет

В силу Постановление Правительства РФ от 15.05.2008 N 370

25. Уполномоченный органпрекращает предоставление участнику средств целевого жилищного займа в течение 30 дней после наступления одного из следующих событий

…
б) получение уполномоченным органом информации, подтверждающей:
увольнение участника с военной службы;

Здравствуйте, Сергей! 

Возможно, остатка накоплений может хватить на погашение ипотеки.

Поясню:

Согласно ч. 3 ст. 13 ФЗ-117 от 20 августа 2004 г. «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»:

В случае приобретения участником накопительно-ипотечной системы жилья в период прохождения военной службы за счет части накоплений с использованием целевого жилищного займа и погашения указанного займа при увольнении участника по решению федерального органа исполнительной власти (федерального государственного органа), в котором он проходил военную службу, об исключении участника из реестра участников и на основании его рапорта (заявления) уполномоченный федеральный орган обеспечивает предоставление участнику остатков денежных накоплений и закрывает именной накопительный счет участника.

 Т.е., ежегодный накопительный взнос перечисляемый на Ваш счет НИС может быть больше платежей по ипотечному кредиту. Эта разница к моменту закрытия счета участника НИС в связи с увольнением, перечисляется на Ваш банковский счет. Возможно этих средств хватит для погашения кредита после увольнения.

Поэтому Вы можете и сами досрочно погасить ипотеку, а затем получить при увольнении остаток накоплений.