Здравствуйте,
В Вашей ситуации, Вам действительно следует выезжать на 3 месяца и потом снова въезжать.
В силу ст.5 ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» от 25.07.2002 N 115-ФЗ
Временно пребывающий в Российской Федерации иностранный гражданин обязан выехать из Российской Федерации по истечении срока действия его визы или иного срока временного пребывания...
У Вас нет оснований для продления срока вашего пребывания. ВНЖ Вы не продлили.
Если Вы работаете по трудовому договору, то об окончании ВНЖ Вы должны были сообщить своему работодателю и Вас должны были отстранить от работы, а в случае не предоставления продления ВНЖ, расторгнуть трудовой договор
Ст 327.5 ТК РФ работодатель обязан отстранить от работы (не допускать к работе) работника, являющегося иностранным гражданином или лицом без гражданства, в случае:
окончания срока действия вида на жительство в Российской Федерации..
Продлить срок временного пребывания Вы сейчас не сможете даже на основании наличия членов семьи граждан РФ с постоянным местом жительства в РФ
Суд все равно Вас выдворит, невзирая на то, что
это не основание, чтобы суд не принимал решение Вас выдворять из РФ.
В случае назначения только штрафа выехать из РФ при окончании срока нахождения в РФ необходимо. Чем скорее Вы покинете Россию, тем мягче будут последствия нарушения в виде незаконного пребывания в РФ.