Добрый день! Если вы ведете речь не о реконструкции, то в целом, можно. Если говорить о реконструкции жилого дома, то в силу ст 70 218-ФЗ вы можете реконструировать дом с учетом правил землепользования но без получения разрешения или уведомления по ст 51.1 ГрК РФ. Вообще Росреестр если речь об отступах не проверяет отступы, ему главное чтобы дом соответствовал требованиям п 39 ст 1 ГрК РФ.
объект индивидуального жилищного строительства — отдельно стоящее здание с количеством надземных этажей не более чем три, высотой не более двадцати метров, которое состоит из комнат и помещений вспомогательного использования, предназначенных для удовлетворения гражданами бытовых и иных нужд, связанных с их проживанием в таком здании, и не предназначено для раздела на самостоятельные объекты недвижимости.
Если есть какие-то сомнения можете по ст 51.1 ГрК РФ попросить в администрации уведомления о возможности реконструкции дома.
Что касается других построек, то как регистрация в ЕГРН их не требуется в обязательном порядке, так и разрешение на строительство на них не нужно. Что касается отступов и СНиПов, то их соблюдение требуется по большей мере для противопожарных мер и для удобства соседей, чтоб не нарушались их права.
Если сильных нарушений нет, то реконструкция должна быть без проблем.