Алексей, добрый день.
А как дело обстояло на самом деле? Обстоятельства, которые изложены ФНС правдивы?
Имели ли место на самом деле те факты о которых заявляет ФНС?
Сложно оценить риски не зная всех обстоятельств произошедшего.
Однако отмечу, что Презумпция невиновности налогоплательщика в совершении налогового правонарушения установлена п. 6 ст. 108 НК РФ: «Лицо считается невиновным в совершении правонарушения, пока его виновность не будет доказана в предусмотренном федеральным законом порядке. Лицо, привлекаемое к ответственности, не обязано доказывать свою невиновность в совершении налогового правонарушения.
Обязанность по доказыванию обстоятельств, свидетельствующих о факте налогового правонарушения и виновности лица в его совершении, возлагается на налоговые органы.
Так же рекомендую ознакомиться со ст. 101 НК РФ.
При возникновении вопросов, обращайтесь.