Как мне платить налог в России?

Добрый день! 

1. Примут ли у меня как подтверждение ежегодного дохода справку о зарплате из казахстанской компании? Или нужно искать другой способ?

должны + можно приложить договор где указан дистанционный способ работы, выписку банка по счету, декларацию 3-НДФЛ

2. Как мне платить налог в России? Ведь я буду постоянно проживать на ее территории. А работодатель платит налоги за меня в Казахстане.

путем подачи налоговой декларации не позднее 30 апреля (ст.229 НК) и уплаты налога не позднее 15 июля с доходов от иностранного источника, казахстанской компании (ст.228 НК).

при постоянном проживании в РФ как налоговым резидентом РФ согласно ст.207 НК и с учетом дистанционного способа работы с территории РФ, платить налог Вы должны будете только в РФ с этого дохода, в силу положений ст.15 Конвенции между Правительством РФ и Правительством Республики Казахстан от 18.10.1996 «Об устранении двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доход и капитал»

1. … заработная плата и другие подобные вознаграждения, получаемые резидентом договаривающегося государства в связи с работой по найму, облагаются налогом только в этом государстве, если только работа по найму не осуществляется в другом договаривающемся государстве. Если работа по найму осуществляется таким образом, получаемое в связи с этим вознаграждение может облагаться налогом в этом другом государстве.