В какую структуру нужно обратиться, какие документы потребуются, кто должен присутствовать при регистрации

добрый день 

вы вправе оформить временную регистрацию посредством портала госуслуги, при этом личное посещение не необходимо. 

вы заполняете раздел временной регистрации, указываете данные ребенка и его согласие (требуется с 14 лет)

также потребуется внесение кадастрового номера жилья, в котором будет осуществлена временная регистрация и данные собственника жилья

собственнику жилья придёт запрос (также посредством госуслуг) на дачу разрешения на временную регистрацию в жилом помещении

после получения согласия собственника, в течение недели, вам придёт электронное с красной печатью свидетельство о регистрации ребёнка по адресу временной регистрации, которое вы вправе распечатать 

если необходимо получить бумажное свидетельство, необходимо обратится в паспортный отдел

Добрый день.

В какую структуру нужно обратиться,

 Для регистрации по месту пребывания необходимо обратиться в МФЦ или подразделении по вопросам миграции МВД (записаться через госуслуги).

какие документы потребуются,

 Паспорт законного представителя, паспорт несовершеннолетнего, а также, собственник с документами на жил площадь и своим паспортом.

кто должен присутствовать при регистрации

 Собственник помещения, представитель ребенка и сам ребенок (поскольку достиг возраста 14 лет).

Здравствуйте, в отдел по вопросам миграции МВД РФ по месту нахождения квартиры  необходимо сыну обратиться с заявлением, Ваше присутствие не обязательно, если ему уже 15 лет. Регулируется порядок  Административным регламентом  Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утв. Приказом МВД России от 31.12.2017 N 984 www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=LAW&n=295702#SAfO1IUXm8PrDw3N

По п. 40 этого Регламента 

Заявление о регистрации по месту пребывания подписывается заявителем и собственником (нанимателем) жилого помещения, указанного в заявлении.

Заявление о регистрации по месту пребывания представляется лицу, ответственному за прием и передачу в органы регистрационного учета документов, за исключением случаев подачи заявления в форме электронного документа с использованием Единого портала, почтового отправления.

В п. 41 Регламента перечень предоставляемых документов. Вам отказали, потому что Вы от своего имени заявление направляли, направлять он (ребенок) должен по учетной записи своей на портале, его запишут на прием.