Здравствуйте, Александр.
В соответствии с п.6 ст. 346.18 НК РФ, Вы обязаны уплатить минимальный налог, если сумма налога, которая исчислена вами за налоговый период в общем порядке, меньше величины минимального налога. Минимальный налог надо уплатить и в том случае, если по итогам года вы получили убыток и сумма налога, исчисленного в общем порядке, равна нулю. Минимальный налог рассчитывается и платится только по итогам года. Авансовый платеж не платится.
Таким образом, в отчете за год Вы укажите, что в первом квартале у вас была «нулевая» деятельность и налоговой станет ясно, почему Вы не заплатили авансовый платеж.