Здравствуйте, переводил деньги(алименты) бывшей жене

Здравствуйте!

Да, суд может это учесть, поскольку перевод Вы делали по поручению третьему лицу (На карту оформленную на другого человека), с назначением платежа. 

Так согласно ст. 312 ГК РФ 

Если иное не предусмотрено соглашением сторон и не вытекает из обычаев или существа обязательства, должник вправе при исполнении обязательства потребовать доказательств того, что исполнение принимается самим кредиторомили управомоченным им на это лицом, и несет риск последствий непредъявления такого требования.

Поэтому можете предоставить в суд доказательства оплаты алиментов в добровольном порядке бывшей жене по ее поручению третьему лицу. 

Для каких целей Вам необходимо это учитывать, снижение задолженности, или для исключения взыскания алиментов за прошедший период?