Если истец подал в суд ходатайство о проведении судебной экспертизы с указанием экспертной организации, а ответчик с указанным ходатайством не согласен (полностью или в части), он должен направить в суд возражения против удовлетворения ходатайства истца с указанием мотивов своих возражений.
Также если ответчик не против проведения судебной экспертизы, но хочет, чтобы ее проведение было назначено в предложенную им экспертную организацию, он имеет право подать встречное ходатайство о проведении экспертизы в предложенной им экспертной организации.
В соответствии с ч. 2 ст. 79 ГПК РФ
Каждая из сторон и другие лица, участвующие в деле, вправе представить суду вопросы, подлежащие разрешению при проведении экспертизы. Окончательный круг вопросов, по которым требуется заключение эксперта, определяется судом. Отклонение предложенных вопросов суд обязан мотивировать.
Стороны, другие лица, участвующие в деле, имеют право просить суд назначить проведение экспертизы в конкретном судебно-экспертном учреждении или поручить ее конкретному эксперту; заявлять отвод эксперту; формулировать вопросы для эксперта; знакомиться с определением суда о назначении экспертизы и со сформулированными в нем вопросами; знакомиться с заключением эксперта; ходатайствовать перед судом о назначении повторной, дополнительной, комплексной или комиссионной экспертизы.