Если вернусь в сентябре, смогу ли встать на воинский учёт и получить отсрочку или меня призовут?

, но сразу ушёл в академ на два года. Два года как нахожусь за границей, на воиснком учёте не состоял, отсрочку не получал.

 Здравствуйте

Если отсрочку не получали- то да, сможете ее получить, но на воинский учет нужно будет встать.

Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ
«О воинской обязанности и военной службе»

Статья 24. Отсрочка от призыва граждан на военную службу2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
программам бакалавриата, если указанные обучающиеся не имеют диплома бакалавра, диплома специалиста или диплома магистра, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам бакалавриата;
программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.

Срок академ отпуска тут роли играть не будет- так как срок отсрочки течь еще не начал у вас- вы ей не воспользовались.

Здравствуйте!

В 2022 поступил в МФТИ, но сразу ушёл в академ на два года.

В таком случаи право на отсрочку утрачивается.

Статья 24. Отсрочка от призыва граждан на военную службу

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином, получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск, 

но не более одного года после завершения обучения по соответствующей образовательной программе высшего образования.