Каким образом мне инициировать выплату алиментов всё-таки исходя из доходов бывшего мужа?

Здравствуйте) Этот вопрос придётся решать в судебном порядке. Составляйте заявление в суд, прилагайте необходимые документы и обращайтесь к мировому судье по Вашему месту жительства. 

Про индексацию размера алиментов, уплачиваемых по соглашению:

Согласно ст. 105 СК РФ

Индексация размера алиментов, уплачиваемых по соглашению об уплате алиментов, производится в соответствии с этим соглашением. Если в соглашении об уплате алиментов не предусматривается порядок индексации, индексация производится в соответствии со статьей 117 настоящего Кодекса.

На основании ч. 1 ст. 117 СК РФ индексацию алиментов осуществляет организация работодателя, в которую направлен исполнительный документ (исполнительный лист на основании решения суда или соглашение нотариальное, имеющее силу судебного решения), либо судебный пристав-исполнитель в рамках исполнительного производства пропорционально росту величины прожиточного минимума, установленного на детей в регионе проживания взыскателя.  

Про внесение изменений в соглашение об оплате алиментов:

На основании ч. 2 ст. 101 СК РФ

Соглашение об уплате алиментов может быть изменено или расторгнуто в любое время по взаимному согласию сторон.

 Изменение или расторжение соглашения об уплате алиментов должно быть произведено в той же форме, что и само соглашение об уплате алиментов.

Кроме того, в соответствии с ч. 4 ст. 102 СК РФ

В случае существенного изменения материального или семейного положения сторон и при недостижении соглашения об изменении или о расторжении соглашения об уплате алиментов заинтересованная сторона вправе обратиться в суд с иском об изменении или о расторжении этого соглашения. При решении вопроса об изменении или о расторжении соглашения об уплате алиментов суд вправе учесть любой заслуживающий внимания интерес сторон.

В суд. заявление в зависимости от ситуации с иском об индексации или измениении алиментов