Вопрос: с какой суммы ущерба предусмотрена уголовная ответственность?

Здравствуйте!

с какой суммы ущерба предусмотрена уголовная ответственность?

По какой причине возник ущерб? 

За недостачу материальных средств предусмотрена дисциплинарная и материальная ответственность. Уголовная ответственность предусмотрена лишь при наличии состава преступления. Если такой состав в Ваших действиях есть, то зависит от причин.

Военнослужащий согласен в добровольном порядке возместить сумму ущерба

 Если речь про одного военнослужащего, то такую сумму можно взыскать без обращения в суд только в случае полной материальной ответственности (статья 5 ФЗ «О материальной ответственности военнослужащих»).

Военнослужащие несут материальную ответственность в полном размере ущерба в случаях, когда ущерб причинен:
по неосторожности военнослужащим,которому имущество было вверено на основании документа (документов), подтверждающего (подтверждающих) получение им этого имущества для обеспечения хранения, перевозки и (или) выдачи этого имущества либо производства финансовых расчетов;

Это должно быть установлено в результате проведения административного расследования (приказ МО РФ № 717 от 2015 г.)