Здравствуйте, Марианна!
Минимальный срок владения недвижимостью составляет три года, если право собственности на этот объект было получено одним из следующих способов:
1. В порядке наследования или по договору дарения от члена семьи или близкого родственника.
2. В результате приватизации.
3. По договору пожизненного содержания с иждивением.
4. Имущество было получено от личного фонда в соответствии с условиями управления или при распределении оставшегося после ликвидации фонда имущества.
В остальных случаях для указанных объектов недвижимости минимальный срок владения объектом недвижимости составляет пять лет, если иное не установлено законом субъекта РФ (п. 4, пп. 1 п. 6 ст. 217.1 НК РФ).
Для сведения: Минимальный срок владения три года также установлен для единственного жилья.
Судя по тексту, ни под одно из условий ваша ситуация не подпадает.
К сожалению налоговый орган прав и минимальный срок владения должен быть более 5 лет по вашей ситуации, а коль Вы получили доход, то должны рассчитать налог, подать декларацию 3-НДФЛ, уплатить налог в бюджет.
Если вы получили доход от продажи квартиры, жилого дома, земельного участка, нежилого помещения или иной недвижимости, которая не подпадает под освобождение от налогообложения, то вы обязаны задекларировать этот доход, нужно подать декларацию по форме 3-НДФЛ, рассчитать и уплатить налог на доходы физических лиц (НДФЛ) в соответствии с положениями пункта 2 статьи 228 Налогового кодекса Российской Федерации (НК РФ).
В вашем случае, за Вас налог рассчитал налоговых орган.
К доходам от продажи недвижимости применяется ставка НДФЛ в размере 13%. Налоговая база рассчитывается как денежное выражение этих доходов, уменьшенных на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением данного имущества.
Если у налоговых органов отсутствуют документально подтвержденные налогоплательщиком расходы, указанные доходы могут быть уменьшены на сумму расходов, рассчитанных исходя из цены сделки, послужившей основанием для регистрации права на это имущество. Информация о цене сделки доступна налоговым органам. В иных случаях доходы могут быть уменьшены на сумму налоговых вычетов, как это предусмотрено абз. 3 п. 3 ст. 214.10 и п. 1.1 ст. 224 Налогового кодекса Российской Федерации.
При отсутствии права на освобождение от уплаты НДФЛ, вы можете воспользоваться следующими способами уменьшения своих доходов от продажи гаража (п. 6 ст. 210, абз. 3 п. 3 ст. 214.10, пп. 1 п. 1, пп. 1, 2, 4 п. 2 ст. 220 НК РФ):
* на сумму расходов, связанных с приобретением этого имущества;
* либо на сумму имущественного налогового вычета (при условии, что недвижимость не использовалась в предпринимательской деятельности).
По поводу Закона Якутии. Судебную практику по вашей республике бегло посмотрел, суды взыскивают с граждан подоходный налог.