Бывший хочет продать долю сыну, и эту сумму списать с алементов можно так или нет

Можно такое соглашение заключить у нотариуса. Ст 104 СК РФ. 

Продать долю сыну, и эту сумму списать с алиментов, так как Вы это написали нельзя в силу ст. 116 Семейного кодекса РФ, согласно которой алименты не могут быть зачтены другими встречными требованиями.

Вместе с тем бывшие супруги не лишены права заключить соглашение об уплате алиментов и предусмотреть в нем, что задолженность плательщика по алиментам снимается за счет признания за ребенком принадлежащей должнику доли в квартире.

Такое соглашение, исходя из положений ст. 100 Семейного кодекса РФ, должно быть нотариально удостоверено.

Вам нужно обратиться к нотариусу.