Олег!
Само по себе такое несовпадение номеров двигателя может и не стать большой проблемой, если модель двигателя, фактически установленного на автомобиль, соответствует заводским параметрам. В таком случае возможно внесение изменений в ПТС в части номера двигателя. Если же у ГАИ есть сомнения на этот счёт, могут и отказать, спорные вопросы решаются в судебном порядке.
Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!