Как действовать в этой ситуации?

Если вы получили повестку на призыв на военную службу, несмотря на действующую отсрочку из-за академического отпуска, вы вправе обжаловать действия призывной комиссии. Ваша отсрочка должна быть сохранена на основании следующих норм права:

Федеральный закон № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»:

Пункт 2 статьи 24 этого закона определяет, что право на отсрочку от призыва для студентов образовательных учреждений предоставляется на весь период обучения. В этом числе включены академические отпуска, если общий срок таких отпусков не превышает одного года. Это значит, что если ваши два академических отпуска в совокупности составляют менее одного года, право на отсрочку сохраняется.
Федеральный закон «Об образовании в Российской Федерации» № 273-ФЗ:

Часть 11 статьи 34 указывает, что обучающиеся имеют право на академический отпуск по уважительным причинам. При этом отсрочка от армии сохраняется за студентом при условии, что академический отпуск предоставлен и срок всех отпусков не превышает один год.
Порядок действий:

Подача заявления в призывную комиссию: Укажите, что у вас действует отсрочка на основании академического отпуска, а также предоставьте копию справки об академическом отпуске и документы из учебного заведения, подтверждающие отсутствие превышения одного года в академических отпусках.
Обращение в военкомат с документами: Предоставьте копию приказа учебного заведения о предоставлении академического отпуска и другие подтверждающие документы.
Обжалование призывного решения: Если призывная комиссия не признает отсрочку, вы можете подать жалобу в суд или прокуратуру.