Здравствуйте, Альберт. В силу ст. 33 ЗК РФ субъектам РФ переданы полномочия по установке предельных размеров земельных участков выделяемых под садоводство, дачное строительство, ведение фермерского хозяйства и т.д., в т.ч. под ИЖС. Но эти предельные размеры касаются только тех участков, которые выделяются из земель, входящих в состав муниципальной собственности. То есть администрация муниципального образования не имеет право предоставлять в «одни руки» земельный участок меньшего либо большего размера, чем предельный размер установленный субъектом РФ (в данном случае правительством Белгородской области).
У Вас же ситуация совсем другая. Земельный участок находится в частной собственности. Следовательно установленные нормы предельных размеров земельного участка в данном случае на него не распространяются.
Не видя официального отказа в разрешение на строительство могу предположить, что в отказе упор делается на то, что земельный участок не соответствует градостроительному регламенту (ст. 36 Градостроительного кодекса). Если это так, то в таком случае можно попробовать обратиться с соответствующим заявлением о возможности отклонения от предельных параметров разрешения на строительство (ст. 40 Градостроительного кодекса).
P.S.
И еще, как вариант, это самостоятельно, без получения разрешения на строительство, возвести жилой дом. После его узаконить. Есть вероятность, что можно будет обойтись без обращения в суд. Главное, чтобы жилой дом соответствовал всем строительным нормам и СНИПам. Самовольной постройкой администрация Вашего муниципального образования его признать не сможет (даже в судебном порядке), так как у Вашего сына земельный участок будет в его собственности.