Здравствуйте.
В том, что Вам сказали в военном комиссариате и на горячей линии МО РФ противоречий нет.
В задачи военного комиссариата входит отбор граждан, изъявивших желание заключить контракт о прохождении военной службы с МО РФ и собственно заключение самого контракта, при этом место прохождения военной службы военный комиссариат не определяет, не уполномочен на это. Ему приходит распоряжение с мобилизационного отдела военного округа о том, в какую воинскую часть контрактника они после заключения контракта должны направить.
Обратная ситуация с воинской частью. При обращении в нее по вопросу заключения контракта о прохождении военной службы, они сразу доводят на какую воинскую должность они могут принять гражданина, т.е. принимают к себе на службу на конкретную воинскую должность.
Если мой ответ оказался Вам полезным, прошу оценить его соответствующей оценкой.