В мае 2012 года заключила договор аренды нежилого помещения на срок 7 лет, в июне 2012 года договор

На эту тему есть пленум суда

Постановление Пленума ВАС РФ от 17.11.2011 N 73  «Об отдельных вопросах практики применения правил Гражданского кодекса Российской Федерации о договоре аренды»

14. Согласно пункту 2 статьи 609 ГК РФ договор аренды недвижимого имущества подлежит государственной регистрации, если иное не установлено законом.

 
В случае если стороны достигли соглашения в требуемой форме по всем существенным условиям договора аренды, который в соответствии с названным положением подлежит государственной регистрации, но не был зарегистрирован, то при рассмотрении споров между ними судам надлежит исходить из следующего.

 
Если судами будет установлено, что собственник передал имущество в пользование, а другое лицо приняло его без каких-либо замечаний, соглашение о размере платы за пользование имуществом и по иным условиям пользования было достигнуто сторонами и исполнялось ими, то в таком случае следует иметь в виду, что оно связало их обязательством, которое не может быть произвольно изменено одной из сторон (статья 310 ГК РФ), и оснований для применения судом положений статей 1102, 1105 этого Кодекса не имеется. В силу статьи 309 ГК РФ пользование имуществом должно осуществляться и оплачиваться в соответствии с принятыми на себя стороной такого соглашения обязательствами.

Переход права собственности не меняет условий аренды и эти договоренности. 

ГК РФ Статья 617. Сохранение договора аренды в силе при изменении сторон

1. Переход права собственности (хозяйственного ведения, оперативного управления, пожизненного наследуемого владения) на сданное в аренду имущество к другому лицу не является основанием для изменения или расторжения договора аренды.

Но по доп соглашениям тут может быть спор, так как новый покупатель не мог знать о другом сроке аренды, так как в егрн этих сведений не было. 

Также в «Обзоре судебной практики Верховного Суда Российской Федерации N 4 (2018)» (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 26.12.2018)

отмечалось, что 

В п. 3 информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 25 февраля 2014 г. N 165 «Обзор судебной практики по спорам, связанным с признанием договоров незаключенными» разъяснено, что сторона договора, не прошедшего необходимую государственную регистрацию, не вправе на этом основании ссылаться на его незаключенность. Как указано в названном пункте, по смыслу ст. 164, 165, п. 3 ст. 433, п. 2 ст. 651 ГК РФ государственная регистрация договора осуществляется в целях создания возможности для заинтересованных третьих лиц знать о долгосрочной аренде.

На этом основании сделан вывод о том, что сторона договора, не прошедшего необходимую государственную регистрацию, не вправе на этом основании ссылаться на его незаключенность.

Как уже сказал, то же самое касается и дополнительных соглашений, ввиду того, что они являются частью договора аренды.

В практике, также встречается позиция, например, Постановление Арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 28.02.2018 N Ф04-270/2018, в силу которой, если в соглашении об изменении договора указано, что обязательства изменяются только с момента регистрации соглашения, тогда до регистрации обязательства сторон не признаются измененными. 

Поэтому окончательный вывод по Вашему вопросу можно сделать после изучения дополнительных соглашений к договору. 

и как заставить арендатора подписать новый договор, а не доп.соглашение, так как за 12 лет политика в арендных отношениях кардинально изменилась.

По общему правилу, ст. 421 ГК РФ 

1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.
Понуждение к заключению договора не допускается, за исключением случаев, когда обязанность заключить договор предусмотрена настоящим Кодексом, законом или добровольно принятым обязательством.

И если тут имеет место взаимоотношения между двумя хозяйствующими субъектами, где для арендодателя или арендатора нет обязательного требования к заключению договора аренды в силу закона — то обязать его заключить новый договор Вы не сможете. 

Вы можете попробовать применить приведенные коллегой Петровым разъяснения Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 25.12.2018 N 49 «О некоторых вопросах применения общих положений Гражданского кодекса Российской Федерации о заключении и толковании договора».

Возможно получится доказать что новый собственник не знал и не мог знать о наличии дополнительных соглашений к Договору аренды о продлении срока его действия.

Сохраняются ли все эти положения при переходе права собственности другому лицу?

 Да, сохраняются.

Если у арендуемого помещения меняется собственник, это не приводит к расторжению или изменению договора аренды. По правилам ст. 617 ГК РФ любом случае договор аренды сохранит силу и продолжит действовать на прежних условиях.

Что касается дополнительных соглашений, то вопрос спорный. Я считаю, что в этом случае поскольку новый собственник встает на место старого положения допсоглашений, которые не были зарегистрированы в Росреестре будут иметь для него такую же силу как и для старого собственника.

Весь вопрос как раз в этом:

не знал и не должен был знать о существовании незарегистрированного договора аренды.

Как я понимаю, Вы рассматриваете вопрос об изменении собственника чисто формального. То есть не намереваетесь продать помещение на сторону, а передать лицу, к которому имеете какое-то отношение. Если это будет выяснено в суде, такой возможностью изменить условия договора воспользоваться не получится.