Иностранный гражданин имеет в собственности жилье и там прописан.Работает в другом регионе и е у отказали в временной регистрации по месту проживания.законно ли это?

Здравствуйте, Оксана! 

Насколько я понял Ваш вопрос. 
Временная регистрация у иностранного гражданина по месту работу (в регионе отличном от места нахождения собственного жилья).

По общему правилу, осуществить постановку на миграционный учет требуется в течение 7 рабочих дней с даты прибытия в место пребывания. 
Если иностранным гражданином срок постановки соблюден и нет нарушений при подаче заявления, то отказ не законен.

Здравствуйте,

А по какой причине отказ? письменный отказ получили на руки? Что в нем указано? Причина может быть  в непредставлении всего комплекта документов? 

А так, не могут отказать в регистрации по месту пребывания, потому как иностранный гражданин обязан встать на учет именно по месту своего фактического проживания

В силу ст 21 ФЗ «О миграционном учете иностранных граждан и лиц без гражданства в Российской Федерации» от 18.07.2006 N 109-ФЗ

1. Иностранный гражданин подлежит постановке на учет по месту пребывания:

1) по адресу жилого помещения, не являющегося его местом жительства, в котором иностранный гражданин фактически проживает;

У Вас принимающая сторона работодатель или Вы самостоятельно подавали заявление на постановку на учёт?

Порядок подачи заявления описание ст 22 ФЗ 109

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_61569/5870db6b61f003dfeffe784df6b3ee9c026925ba/