Но с сайта "Гос оплата" приходят уведомления о задолженности по транспортному налогу

Добрый день, Юрий!

Поскольку налоговым администрированием в РФ официально занимается Федеральная налоговая служба, то в Вашей ситуации следует обратиться к первоисточнику — в личный кабинет налогоплательщика, который ведет ФНС. В нем отражается актуальная информация о Вас, как налогоплательщике: объекты налогообложения (имущество, доходы), начисленные налоги, Ваши платежи по налогам и т.д.

В ЛКН будет видно по каким налогам у Вас задолженность и почему она образовалась.

Возможно проблема связана с ЕНС (единым налоговым счетом). Если до уплаты транспортного налога у Вас была задолженность по какому-либо другому налогу, штрафу, пени, то средства из единого платежа сначала поступают в погашение ранее возникшей задолженности.

Всю историю вы и сможете увидеть в ЛКН.

Второй вариант — обратитесь письменно в свой налоговый орган с данной проблемой и в течение 30 дней Вам дадут официальный ответ.