Хотел спросить, если у отца есть гражданство РФ, и прописка у него в Московской области, могу я сделать временную регистрацию в Москве и подать документы на внж там же?

Здравствуйте!

Да, это возможно сделать.

Заявление о постановке Вас на учет по месту пребывания подается через МФЦ или напрямую в отдел по вопросам миграции собственником предоставляемого жилого помещения.

Если мой ответ был Вам полезен, то прошу отметить его. Это важно для развития моей страницы на портале. 

Заранее благодарю!