Здравствуйте Михаил.
… ученический договор с организацией, по которому я обучаюсь, получаю ученическую стипендию, после же трудоустраиваюсь в эту организацию, но так сложились обстоятельства...
Если речь идёт об ученическом договоре, общие положения закреплены в статье ТК РФ Статья 249. Возмещение затрат, связанных с обучением работника, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/8c3397c3aacb57379a6e66876a6f8d8498b957a4/
Из статьи следует:
В случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.
Т.е. возмещаются затраты на обучение, расходы работодателя связанные с оплатой обучения работника образовательной организации, также например если выплачивалась стипендия расходы на ее выплату.
Дополнительно с подробными разъяснениями Роструда РФ можете ознакомиться по следующей ссылке:
… требует возместить затраты на обучение работника, понесенные работодателем -https://онлайнинспекция.рф/instruction/197
Пример решения суда, Решение № 2-749/2020 от 25 мая 2020 г. по делу № 2-749/2020 по следующей ссылке:https://sudact.ru/regular/doc/BUktQIvF5uZr/
Далее я продолжу в следующем ответе ниже.
Пунктом 5.4 Договора у Вас предусмотрено. что обязанность по возмещению понесенных расходов на Ваше обучение возникает в случае увольнения (расторжения трудового договора) по одному из оснований указанных в данном пункте.
Всего таких оснований, при которых Вы обязаны возместить понесенные расходы — пять.
Пунктом 5.6 договора допускается возможность освобождения от исполнения обязанности по возмещению расходов в случае расторжения трудового договора по соглашению сторон.
Таким образом, при расторжении трудового договора на основании ст. 78 ТК РФ — по соглашению сторон трудового договора, вы освобождаетесь от обязанности по возмещению стоимости Вашего обучения и выплаченной Вам стипендии.