Есть коммунальная квартира, владеет одна семья (одна комната - мама, две комнаты - папа с двумя совершеннолетними сыновьями, у всех троих по 1/3 доли)

Согласно подпункту 5 пункта 1 статьи 208 Налогового кодекса Российской Федерации для целей исчисления налога на доходы физических лиц к доходам от источников в Российской Федерации относятся доходы от реализации недвижимого имущества, находящегося в Российской Федерации.

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) доходы, получаемые физическими лицами,  от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

В силу пункта 4 статьи 217.1 Налогового кодекса Российской Федерации минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.

Существует судебная практика, что при объединении объектов срок владения исчисляется от срока приобретения последнего исходного. Данная практика применима в том случае если исходные и образуемые объекты находились в собственности одних и тех же лиц. 

В Вашем случае собственники исходных объектов (комнат) различные, поэтому срок владения будет исчисляться с момента кадастрового учета и регистрации права на образуемый. Сделки по продаже недвижимости облагаются налогом на доходы 13% — для доходов до 2,4 млн руб. включительно и 15% — для доходов больше 2,4 млн руб.