Если человек не относил документы в военкомат об учебе в институте на бакалавриате, а после поступил на магистратуру и так же не относил документы, значит ли это что у него отстрочка автоматически?

Здравствуйте, нет. Отсрочка по учебе является правом гражданина и это право с точки зрения закона надо реализовать. Если в отношении вас не выносилось решение призывной комиссией о предоставлении отсрочки, то вам надо будет отнести справку в военкомат и пройти заседание призывной комиссии. 

Ещё более подробно разобрать ваш вопрос можно в рамках полноценной консультации в чате юриста. 

Для этого напишите мне в сообщения — «кнопка общаться в чате» — справа от имени юриста. Есть обширный опыт работы в сфере защиты прав призывников и военнослужащих. 

В рамках консультации вы сможете задать дополнительные вопросы, получить на них ответы со ссылкой на актуальное законодательство и получить различные стратегии действий, исходя из именно вашей ситуации.