Здравствуйте скажите пожалуйста вот меня лишают водительского удостоверения категория В, я как понимаю

Здравствуйте, Олег!

я как понимаю лишают и автоматически удостоверение тракториста, если я отдаю водительские удостоверения в ГИБДД а в гостехнадзоре напишу заявление об утери удостоверения тракториста, будет ли идти срок времени лишения

Да, будет.

Течение  срока лишения специального права  не прерывается,  при получения органом, исполняющим этот вид административного наказания, заявления лица об утрате этих   документов.

Но, здесь нужно учитывать риски.

В частности  течение   срок  сдачи   может быть прервано   при установлении факта, что   удостоверение тракториста не было утрачено, например  при  его предъявлении.