Если из двух собственников- остался один, какую долю нужно выделять, мне не совсем понятно?

Здравствуйте! Отдельно выделять долю в Вашем случае не требуется. В целом в соответствии с положениями п.1 ст. 245 Гражданского кодекса Российской Федерации поскольку квартира находилась в совместной собственности и следовательно доли в ней определить нельзя, то они признаются равными, т.е. по 1/2 у каждой. В Вашем случае нотариус в связи с тем, что больше наследников нет и отдельно производить регистрационные действия не надо, опираясь на эту статью, сразу выдаст Вам свидетельство на всю квартиру.