В каких случаях упращенец должен платить налог на прибыль?

Плательщики УСН освобождены о НДС (кроме ввоза товаров на территорию РФ и случаев, указанных в ст. 174.1 НК РФ) и налога на прибыль (кроме двух случаев, указанных ниже).

Случаи в которых плательщик на УСН платит налог на прибыль полностью перечислены в п. 2 ст. 346.11 НК РФ, где содержится ссылка на п. 3, 4 ст. 284 НК РФ. То есть с дивидендов по акциям, и по операциям с долговыми обязательствами. И этот перечень закрыт. Других оснований для оплаты налога на прибыль для применяющих УСН НК РФ не предусмотрено.

Да, ООО на УСН обязано исчислить и уплатить НДС в бюджет, если выставляет покупателю счет-фактуру с этим налогом (п. 5 ст. 173 НК РФ), но в это случае она не переходит общую систему налогообложения. Упрощенная система не может прерываться для совершения операций в общем режиме налогообложения. Аналогичная статья об оплате в подобном случае и налога на прибыль в Налоговом Кодексе отсутствует.

Переход с операций, облагаемых УСН, на операции, облагаемые по ОСН, возможен только в одном случае: при утрате права применения УСН — п. 4 ст. 346.13 НК РФ:

 4. Если по итогам отчетного (налогового) периода доходы налогоплательщика, определяемые в соответствии со статьей 346.15 и подпунктами 1 и 3 пункта 1 статьи 346.25 настоящего Кодекса, превысили 60 млн. рублей и (или) в течение отчетного (налогового) периода допущено несоответствие требованиям, установленным пунктами 3 и 4 статьи 346.12 и пунктом 3 статьи 346.14 настоящего Кодекса, такой налогоплательщик считается утратившим право на применение упрощенной системы налогообложения с начала того квартала, в котором допущены указанное превышение и (или) несоответствие указанным требованиям. 

Только в случае нарушения режима УСН, быший «упрощенец» начинает применять ОСН.

Поэтому ответ на Ваш вопрос: налоговый орган не прав, такое мнение не основано на нормах НК РФ. Если бы Минфин хоть что-то подобное сказал в своих письмах, но такой информации в принципе нет.

Что еще может связывать налогом на прибыль фирму на УСН, так это необходимость быть налоговым агентом в случае, если она является покупателем фирмы-нерезидента — п. 3 ст. 275, ст. 310 НК РФ (но это кардинально другое).