И Как правильнее оформить договор, что бы и в ГИБДД вопросов не возникло при переоформлении и компания была чиста перед ИФНС?

Здравствуйте, Наталья.

Право собственности переходит после подписания акта приема -передачи автомобиля. Можно ли так сделать?

Можете. По общему правилу право собственности на вещь возникает с момента ее передачи (п. 1 ст. 223 ГК). Но в данном случае Вы должны отразить доходы на дату передачи автомобиля.

В соответствии с пп. 3 п. 3 ст. 8 Федерального закона от 03.08.2018 N 283-ФЗ «О государственной регистрации транспортных средств в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» владелец транспортного средства обязан обратиться с заявлением в регистрационное подразделение для внесения изменений в регистрационные данные транспортного средства в связи со сменой владельца транспортного средства в течение десяти дней со дня приобретения прав владельца транспортного средства.

И Как правильнее оформить договор, что бы и в ГИБДД вопросов не возникло при переоформлении и компания была чиста перед ИФНС? 

В договоре укажите следующие формулировки:

С момента передачи Товара Покупателю и до его оплаты Автомобиль не признается находящимся в залоге у Продавца.

Рассрочка оплаты Автомобиля по настоящему Договору Сторонами не признается коммерческим кредитом.

 Имеет ли смысл в договоре прописать полную стоимость, а отдельным соглашением сделать соглашение о рассрочке, что бы в ГИБДД не показывать.

Нет, пропишите все условия (и полная стоимость) и сроки оплаты. Статья 487 ГК РФ разрешает сторонам включить в договор условие о полной или частичной предварительной оплате имущества.