Здравствуйте.
Да, в описанной ситуации риски с точки зрения налогового и трудового законодательства есть.
Во-первых, даже если директор — единственный учредитель, это не освобождает от обязанности заключить с ним трудовой договор. Позиция Минфина и ФНС давно однозначна: руководитель организации, в том числе НКО, действует на основании трудового договора, даже если он один. См. письмо Минфина РФ от 17.01.2020 № 03-04-06/1697 и Определение Верховного суда РФ от 24.01.2014 № 89-КГ13-10. Норма статьи 273 ТК РФ, на которую вы ссылаетесь, не освобождает от оформления трудового договора — она говорит о применении общих норм ТК к руководителям, а не об их необязательности.
Во-вторых, переводы на счёт директора без основания — это потенциальная налоговая и юридическая проблема. При отсутствии трудового договора такие выплаты могут быть расценены как выплаты без правового основания или даже как вывод средств, особенно если НКО работает на УСН и не платит взносы с этих сумм. В налоговой практике встречаются случаи, когда ФНС доначисляла страховые взносы и штрафы именно по такому основанию (см., например, решение Арбитражного суда Свердловской области от 30.09.2021 по делу № А60-22341/2021).
Договор на безвозмездное оказание услуг с директором — также не решает проблему, так как его действия по управлению организацией не относятся к гражданско-правовому договору, а квалифицируются как функции наемного работника. Более того, суды и ФНС последовательно признают такие попытки ухода от трудовых отношений фиктивными (см. Постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 23.06.2020 по делу № А55-27684/2019).
Рекомендую в кратчайший срок заключить с директором трудовой договор (можно с нулевой или минимальной ставкой при отсутствии зарплаты), и оформить решения учредителя о таких условиях. Иначе налоговая может доначислить не только взносы, но и налоги с возможной квалификацией операций как выплаты дохода физлицу.
С уважением,
Александр