Но есть нюансы, она находится в ипотеке и туда был вложен материнский капитал

 Добрый день!

 Да, вы можете продать комнату, которая находится в ипотеке и с использованием материнского капитала, но процесс будет сложнее, чем стандартная продажа недвижимости.  

1. Продажа комнаты в ипотеке  
Поскольку комната находится в залоге у банка, вам потребуется согласие кредитора (банка) на сделку. Возможны варианты:  
— Погашение ипотеки за счет средств покупателя – наиболее распространенный способ. Покупатель переводит деньги на счет банка, остаток (если есть) получаете вы.  
— Рефинансирование ипотеки на нового покупателя – если банк согласен переоформить кредитный договор.  
— Залог другого имущества – если банк разрешит заменить залог.  

Норма права:
— Ст. 37 ФЗ «Об ипотеке (залоге недвижимости)» – изменение залога требует согласия залогодержателя.  
— Ст. 346 ГК РФ – последствия нарушения залоговых обязательств.  

2. Учет материнского капитала (МК)  
Если маткапитал был использован на покупку или погашение ипотеки, то:  
— Несовершеннолетние дети (в чью пользу использовался МК) должны быть выделены в собственности в новой квартире.  
— Нотариальное обязательство – если на момент продажи дети еще не получили долю, нужно оформить у нотариуса обязательство наделить их долей в новой квартире (даже если она будет куплена позже).  

Норма права: 
— Ч. 4 ст. 10 ФЗ № 256-ФЗ «О дополнительных мерах господдержки семей с детьми» – требование о выделении долей детям.  
— Письмо Минтруда № 12-3/10/П-9176 от 27.12.2017 – о порядке перечисления МК при смене жилья.  

3. Разрешение от органов опеки (если есть несовершеннолетние собственники)
Если дети уже имеют долю в комнате, потребуется разрешение органов опеки на продажу. Они проверят, что права детей не ущемлены (новая жилплощадь не хуже текущей).  

Норма права:  
— Ст. 20, 21 ФЗ «Об опеке и попечительстве» – сделки с имуществом подопечных требуют согласия опеки.  

4. Налоговые последствия  
Если комната в собственности менее 5 лет (или 3 лет в некоторых случаях), придется уплатить НДФЛ 13% с разницы между продажной и кадастровой стоимостью (но можно применить вычет 1 млн руб.).  

Норма права:
— Ст. 220 НК РФ – имущественный вычет при продаже.  

Вывод  
Продать комнату можно, но нужно:  
Получить согласие банка (если есть ипотека).  
Оформить нотариальное обязательство (если МК не погашен и дети не получили доли).  
Получить разрешение опеки (если дети – собственники).  
 Учесть налоговые обязательства.