Здравствуйте,
Налоговый вычет предоставляется из уплаченного НДФЛ (13%). Если вы ИП на УСН, то НДФЛ вы не платите, а значит нечего «вычитать», и вы не можете воспользоваться вычетом.
Если у вас, кроме ИП, есть официальная работа по трудовому договору (где работодатель платит за вас НДФЛ),
либо другие доходы, облагаемые НДФЛ по ставке 13% (например, сдача квартиры в аренду с уплатой НДФЛ), то вы сможете получить имущественный вычет в пределах уплаченного налога.
Ипотека с господдержкой не лишает права на налоговый вычет, всё считается так же, как при обычной ипотеке.