Это критично и какие либо могут возникнуть сложности в будущем?

Здравствуйте,

Дом можно оформить позднее, если он построен по нормам и не нарушает правила застройки. 

Если на земельном участке назначение земли «садоводство», то оформить дом можно как садовый дом, а не как жилой; «ИЖС» или «ЛПХ» — можно строить жилой дом, оформлять дом проще; «огородничество» — строительство вообще запрещено. В таком случае узаконить не получится (или почти нереально).

Уточните, проведено ли межевание. Если межевание не сделано, то оформление дома будет почти невозможно, пока не уточнены границы участка. Также проверьте документы на дом, пусть неоформленные: есть ли проект, техпаспорт, когда построен, из чего и как. Дом мог быть построен с нарушениями, например, не соблюдены отступы от границ участка, есть самовольные пристройки, не утверждён проект и пр. Строение должно быть капитальным: фундамент, стены, крыша.