Здравствуйте!
1. Если ВУЗ отказывает в академическом отпуске, вам стоит обратиться в учебный отдел или деканат и потребовать письменное объяснение причин отказа. Если причина действительно только в одной задолженности, возможно, есть шанс решить вопрос через апелляцию или заявление на пересдачу. В крайнем случае можно обратиться в Минобрнауки или подать жалобу в суд.
2. Военный билет по окончании военной кафедры обычно выдают после прохождения всех этапов подготовки и сдачи соответствующих экзаменов. Если сын завершил обучение на кафедре, но не получил билет, стоит обратиться в военкомат с документами, подтверждающими завершение подготовки. Справка формы 9 (о регистрации по месту жительства) может понадобиться, но она сама по себе не является основанием для получения военного билета.
Удачи!