Приватизировали муниципальную квартиру, через месяц дом признали аварийным, в рамках программы переселения, была сделка по договору мены старой квартиры на две квартиры новых с доплатой

Татьяна, здравствуйте
Как вами указано, основанием для переселения являлись заключенные договоры мены. Вместе с тем, по договору мены каждая из сторон обязуется передать в собственность другой стороны один товар в обмен на другой (в том числе и объекты недвижимости). К этому виду договора применяются правила о купле-продаже; каждая из сторон признается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен. Реализацией товаров признается передача на возмездной основе, в том числе обмен товарами, к доходам от источников в Российской Федерации относят доходы от реализации недвижимого имущества. Налоговая база определяется как денежное выражение доходов, подлежащих налогообложению и учитываемых при определении указанной налоговой базы, уменьшенных на сумму предусмотренных налоговых вычетов.
При продаже либо мене Вашей квартиры, которая находилась в собственности менее предельного срока (трех лет, учитывая, что вы квартиру получили в результате приватизации), можно воспользоваться вычетом в фиксированном размере в размере 1 млн руб., необходимо представить налоговую декларацию и уплатить НДФЛ. 
Отмечу, что были предложения по внесению изменений в законодательство (установление налоговых льгот по НДФЛ, связанных с реализацией мероприятий в целях обеспечения комплексного развития территорий).
Предлагалось не облагать доходы, полученные налогоплательщиком в связи с реализацией решения о комплексном развитии территории жилой застройки в денежной форме в виде равноценного возмещения либо в натуральной форме в виде жилого помещения или доли (долей) в нем, предоставленных в собственность взамен освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем. 
Однако органы власти его не поддержали его, отметив, что это поставит в неравные условия с участниками программы ранее, а также, что минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества и так может быть уменьшен законами субъектов Российской Федерации вплоть до нуля.
Вместе с тем конкретно по вашей ситуации, лучше предметно изучить уведомление налогового органа и документы.
Рада ответить на Ваш вопрос!
При необходимости дополнительной консультации, помощи в подготовке документов, Вы можете обращаться в чат.
Если мой ответ оказался вам полезен, отблагодарить можно здесь: pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4056309/
С уважением, Екатерина