Здравствуйте, Андрей.
В вашей ситуации налоговая спустя четыре года вдруг заявила, что вы находитесь на УСН «доходы минус расходы» (15%), хотя всё это время вы сдавали декларации и платили налог по ставке 6% с доходов. Такое бывает, особенно если при регистрации ИП или при переходе на упрощёнку не было чётко указано, какой объект налогообложения вы выбираете. Если вы не подали уведомление, система по умолчанию могла «назначить» вам 15%, хотя вы считали, что применяете 6%.
Теперь проблема в том, что раз налоговая считает, что вы были на 15%, она вправе потребовать перерасчёт налога за последние три года — это срок налоговой давности. А поскольку вы не вели учёт расходов и не можете их подтвердить, налог будет рассчитан как 15% со всего дохода, без вычета затрат. Это, конечно, может дать доначисление налога, пени и даже штраф за занижение.
Но здесь есть один важный момент: налоговая всё это время принимала ваши декларации по ставке 6%, не предъявляла требований, не уточняла режим. Это можно использовать в вашу защиту, ссылаясь на добросовестность ваших действий. Есть примеры в судебной практике, когда налогоплательщик освобождался от штрафов, потому что действовал в рамках ранее принятых налоговой деклараций и не вводил никого в заблуждение.
Сейчас вам нужно выяснить, на каком основании налоговая считает, что вы применяли 15%. Возможно, они ссылаются на отсутствие уведомления. Если вы уверены, что уведомление подавали, можно затребовать копию из архива налоговой. Если не уверены, лучше запросить сведения официально, а не объясняться на словах.
Если окажется, что 15% действительно применялись формально, вы можете попробовать договориться с налоговой об урегулировании ситуации — например, пересдать декларации за последние три года с перерасчётом, но просить не начислять штраф, ссылаясь на то, что вы честно платили налоги, пусть и по неверной ставке.