То есть ООО будет вести только СЕО продвижение, а ИП все остальное?

Здравствуйте, Роман!

Да, вы можете разделить направления деятельности между ИП и ООО, чтобы минимизировать риски признания дробления бизнеса.

Как правильно разделить деятельность:
ООО – занимается только SEO-продвижением (контекстная реклама, оптимизация, аудиты и т. д.).
ИП – занимается разработкой сайтов (дизайн, верстка, программирование, техническая поддержка).
Как избежать риска дробления:
Разные виды деятельности в ЕГРЮЛ/ЕГРИП

У ООО в ОКВЭД должны быть только услуги, связанные с SEO и интернет-маркетингом.
У ИП – разработка ПО, веб-дизайн, программирование.
Разные клиенты и договоры

Не заключать договоры с одними и теми же заказчиками одновременно от ИП и ООО.
Не дублировать услуги (например, если клиент заказывает разработку сайта у ИП, то SEO ему должно предлагать только ООО, и наоборот).
Разные расчетные счета и финансы

Деньги от SEO идут только на счет ООО, от разработки – только на счет ИП.
Не переводить средства между ИП и ООО без экономического обоснования.
Отсутствие формальной взаимозависимости

Не указывать в договорах и рекламе, что ИП и ООО – это единый бизнес.
Не использовать общий бренд (например, если ООО – «SEO-Маркет», то ИП – «Веб-Студия Петрова»).
Что может вызвать подозрения у налоговой?
Одинаковые клиенты, ведущие дела и с ИП, и с ООО.
Перекрестные платежи (если деньги ходят туда-сюда между ИП и ООО).
Фактически одинаковые услуги под разными названиями...

С уважением, юрист ООО «KSK» Дмитрий!

P.S. Если мой ответ вам хоть как-то помог и был понятен, буду очень благодарен за положительную оценку или отзыв. Если остались вопросы — обращайтесь, постараюсь помочь!