Гражданство получил в 2016 году, в военкомат вызвали в 2025 году, при оформлении военного билета, оформили протокол в размере 5000 рублей, это законно, ведь прошло более 3 лет

Повесткой, лично

 Если повестка была надлежаще вручена, как я  понимаю ее вручили в военкомате и Вы расписались за ее получение, что соответствует ст. 31 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», то такой порядок вручения надлежащий и возможно привлечь по ч. 1 ст. 21.5 КоАП РФ.

1. Неявка гражданина без уважительной причины в указанные в повестке военного комиссариата время и место либо по вызову иного органа, осуществляющего воинский учет, -

влечет наложение административного штрафа в размере от десяти тысяч до тридцати тысяч рублей.

Только, как видите, санкция от десяти тысяч рублей.

Таким образом, не совсем понятно, по какой части ст. 21.5 Вас привлекли к ответственности.

Можете уточнить, по какой части ст. 21.5 Вы привлечены?

формили протокол в размере 5000 рублей

 Постановление о привлечении к административной ответственности Вы на руки получили? 

получил в 2016 году, в военкомат вызвали в 2025 году,

 На личном опыте могу предположить, что к ответственности привлекли за непредоставление информации о полученном гражданстве.

Вот только в таком случае, обязаны были учесть срок давности привлечения к ответственности по ст. 21.5 КоАП РФ.