Здравствуйте, Анна!
Сам по себе академический отпуск по болезни не отменяет отсрочку. Главная опасность в Вашей ситуации — в возможном превышении нормативного срока обучения более чем на 1 год из-за двухлетнего отпуска и в формальном окончании срока обучения до момента сдачи всех экзаменов и защиты.
Получите актуальную справку об обучении, где указано, что сын допущен к госэкзаменам и защите диплома и указана дата окончания обучения с учетом академического отпуска. С этой справкой и другими документами идите в военкомат для подтверждения права на отсрочку.
Если военкомат отказывает в отсрочке, ссылаясь на превышение сроков или окончание обучения, а Вы считаете отказ незаконным, имеет смысл обжаловать решение военкомата в вышестоящую призывную комиссию, прокуратуру или в суд.
Если данная информация оказалась полезной, Вы всегда можете оставить свой отзыв в соответствии с правилами компании «Правовед.RU», а также выразить благодарность юристу по этой ссылке.
При необходимости получения мотивированного юридического заключения по Вашему вопросу или подготовки юридических документов обращайтесь в личные сообщения (услуги платные).
С уважением, Дмитрий В.