Если мы используем деньги детей через опеку?

Когда выделять доли детям:

Доли детям (и всем членам семьи) по закону нужно выделить после того, как ипотека будет полностью погашена и снято обременение с квартиры в Росреестре. Обычно на это дается 6 месяцев с момента снятия обременения.
Что нужно сделать для оформления собственности с выделением долей:

После погашения ипотеки и снятия обременения: Обратиться к нотариусу для составления и заверения соглашения об определении долей в праве общей долевой собственности. В этом соглашении указывается, какие доли будут выделены вам, супругу и каждому ребенку.
С этим нотариально удостоверенным соглашением (и другими необходимыми документами: паспорта, свидетельства о рождении детей, документы на квартиру, справка о погашении ипотеки) обратиться в Росреестр (или МФЦ) для регистрации изменений в праве собственности.
Нужно ли выделять большую долю сразу, если использовали «деньги детей через опеку»?

Да, это очень важный момент. Если под «деньгами детей через опеку» вы подразумеваете собственные средства детей (например, от продажи их предыдущей собственности, наследства и т.п.), которые находятся под контролем органов опеки и попечительства: Доли детей должны быть строго пропорциональны сумме их вложенных средств.
Вы должны были получить разрешение органов опеки и попечительства на использование этих средств ЕЩЕ ДО покупки квартиры. В этом разрешении опека обычно указывает, какую долю дети должны получить в приобретаемом жилье.
Если же речь только о материнском капитале, то доли, выделяемые детям, обычно могут быть номинальными (но не менее установленного законом минимума), достаточными для выполнения обязательства.
Итог: Если использовались именно собственные средства детей, находящиеся под контролем опеки, то размер их доли определяется не «на ваше усмотрение», а исходя из вложенной суммы и условий разрешения опеки. В любом случае, консультируйтесь с нотариусом.