Имеет ли командир на это право?

В вашей ситуации, когда военнослужащий, проходящий службу в зоне специальной военной операции (СВО), находится под уголовным делом, которое приостановлено, и при этом ему не предоставляют отпуск, мотивируя это тем, что дело лишь приостановлено и отпуск может быть не предоставлен, следует учитывать следующее.

Законодательство не содержит прямого запрета на предоставление отпуска военнослужащему, находящемуся в зоне СВО, даже если уголовное дело приостановлено. Однако предоставление отпуска зависит от боевой готовности части и решения командира.
Согласно пункту 11 статьи 29 Указа Президента РФ от 16 сентября 1999 г. № 1237 «Вопросы прохождения военной службы», отпуска предоставляются военнослужащим в любое время года с учетом необходимости обеспечения боевой готовности части и в соответствии с планом отпусков. Это означает, что командир вправе отказать в отпуске, если это обусловлено необходимостью поддержания боеготовности.
При этом, если отпуск не предоставляется длительное время (например, около 9 месяцев), военнослужащий имеет право подать рапорт на отпуск. В случае отказа командира в удовлетворении рапорта, он может обжаловать это решение в вышестоящие органы военного управления, военную прокуратуру и в суд.
В случае приостановления уголовного дела на основании ходатайства командования воинской части (статья 208 УПК РФ, пункт 3.1 части 1 статьи 208 УПК РФ), уголовное преследование временно прекращается, но это не является основанием для безусловного отказа в отпуске.
Возможны варианты:
Командир части может законно отказать в отпуске, ссылаясь на необходимость поддержания боевой готовности и специфику службы в зоне СВО.
Если отказ необоснован и нарушает права военнослужащего, последний вправе обжаловать отказ в установленном порядке.