И если да, то куда и каким образом я могу отправить возникшие недочеты по квартире?

Здравствуйте!

стоит ли вызывать независимую экспертизу при приемке новой квартиры по этой программе?

Не обязательно, но право такое у Вас есть.

При расселении из аварийного жилья Вы имеете право на получение жилого помещения, которое должно быть благоустроенным применительно к условиям конкретного населенного пункта, пригодным для проживания, соответствовать санитарным и техническим нормативам и быть равнозначным по общему метражу. Независимая экспертиза может указать, соблюдены ли требования. Экспертиза выявляет строительные дефекты, оценивает качество инженерных коммуникаций и конструктивных элементов.

Если будете заказывать экспертизу, то лучше до подписания акта, хотя даже после подписания тоже можно.

Подписание акта приемки не лишает Вас права на выявление и устранение недостатков. Главное, чтобы экспертиза проводилась компанией, официально входящей в СРО в сфере строительного проектирования, а к заключению было приложено подтверждение из реестра СРО.

Если в ходе экспертизы будут выявлены недостатки, Вы имеете право обратиться к органу, предоставившему Вам квартиру, с письменной претензией об устранении выявленных недостатков. При переселении из аварийного жилья органы местного самоуправления несут полную ответственность за качество предоставляемого жилья.

В случае отказа или игнорирования Ваших требований можете обратиться в прокуратуру.

Региональная адресная программа по переселению граждан из аварийного жилищного фонда регулируется ст. 16 Федерального закона от 21.07.2007 N 185-ФЗ.

Здравствуйте!

С учетом требований ст. 16 Федерального закона от 21.07.2007 № 185-ФЗ, жилье, предоставляемое по программе расселения аварийного фонда, должно соответствовать требованиям благоустройства, действующим на момент передачи.

Подскажите, стоит ли вызывать независимую экспертизу при приемке новой квартиры по этой программе?

Да, если есть сомнения в качестве и закон не запрещает привлекать экспертов для проверки.  
Если квартира не соответствует нормам (отделка, инженерные системы, планировка), вы вправе требовать устранения недостатков до подписания акта приема-передачи.  Застройщики иногда экономят на качестве, и выявленные недочеты проще устранить до подписания акта приемки.  

И если да, то куда и каким образом я могу отправить возникшие недочеты по квартире?

 
Застройщику – направьте письменную претензию с приложением экспертного заключения (если проводили проверку).  
Местной администрации (орган, ответственный за расселение) – если застройщик игнорирует претензии.  
В Жилищную инспекцию Московской области – с требованием устранения нарушений.  
В Прокуратуру / Суд – в случае грубых нарушений (например, отсутствие отопления, несоответствие площади).