" Как вернуть госпошлину, если до подачи иска в арбитражный суд ответчик погасил долг?"

Можно, нужно из арбитражного суда взять справку о том, что гос.пошлина вами не использовалась, потом написать заявление в налоговую с приложением данной справки. и ориентировочно в течение 3- х месяцев вам налоговая вернет пошлины.

Так же Вы вправе в течение 3-х лет, использовать данную пошлину при подаче иска в этом же суде.