Имеет ли моя сестра выписать меня с дома, если я там не проживаю

Добрый день.

Если сестра собственник данного помещения, тогда у нее есть право снять Вас с регистрационного  учета.

Здравствуйте!
Если вы не являетесь собственником и там не живёте, сестра может через суд признать, что вы утратили право пользования путем иска в суд о признании утратившим право пользования жилым помещением и снятии с регистрационного учёта (ст. 31 ЖК РФ, ст. 304 ГК РФ).
Суд смотрит: живёте ли вы фактически, оплачиваете ли ЖКУ, есть ли другое жильё, есть ли препятствия для сестры и т.п.
Что с регистрацией вашей сожительницы и её брата? Если они не собственники и не члены семьи собственника (для суда «сожительница» ≠ «семья»), сестра тоже может в том же иске просить признать их утратившими право пользования и снять с учёта.

Если хотите остаться:

Доказывайте, что право пользования не утрачено (регулярно бываете, платите долю коммуналки, храните вещи).