Здравствуйте.
1. Это безусловно гражданско-правовые отношения. Обратное возможно только если будет установлен изначальный умысел на присвоение чужих средств без намерения их возвращать. И конечно установить такой умысел, как правило, невозможно, тем более, что Вы говорите, что бóльшая часть средств выплачена. Но все равно первое, что я бы рекомендовал сделать, это собрать максимальное количество доказательств, что Вы шли на контакт с контрагентом, не скрывались от него, что руководство организации и сама организация продолжают работу, ведут обычную хозяйственную деятельность и пр. И, конечно, доказательства ухудшения финансового положения организации в определенный момент.
Все это пригодится Вам как в рамках пояснений правоохранительным органам, так и в суде, если до него снова дойдет дело (допустим, будут заявлены новые требования).
При производстве по уголовному делу подлежат доказыванию:
1) событие преступления (время, место, способ и другие обстоятельства совершения преступления);
2) виновность лица в совершении преступления, форма его вины и мотивы;
3) обстоятельства, характеризующие личность обвиняемого;
4) характер и размер вреда, причиненного преступлением;
5) обстоятельства, исключающие преступность и наказуемость деяния...
Статья 73 УПК РФ.
Каждое лицо, участвующее в деле, должно доказать обстоятельства, на которые оно ссылается как на основание своих требований и возражений.
Обстоятельства, имеющие значение для правильного рассмотрения дела, определяются арбитражным судом на основании требований и возражений лиц, участвующих в деле, в соответствии с подлежащими применению нормами материального права.
Каждое лицо, участвующее в деле, должно раскрыть доказательства, на которые оно ссылается как на основание своих требований и возражений, перед другими лицами, участвующими в деле, до начала судебного заседания или в пределах срока, установленного судом, если иное не установлено настоящим Кодексом.
Статья 65 АПК РФ.
2. Вам может помочь также судебное решение (которым, как я понимаю, Ваш долг был признан подлежащим взысканию), которое в мотивировочной части наверняка установило, что задолженность носит гражданско-правовой характер. Это может быть установлено им как прямо, так и косвенно (в том смысле, что в решении не указан какой-то умысел на присвоение средств и пр.).
3. В остальном, нужно действовать стандартно: давать пояснения, приводить доказательства, обжаловать те или иные действия правоохранителей. Если есть возможность, можно нанять юриста или адвоката для представления интересов.
не принять заявление не вправе.
Обязаны принять, зарегистрировать и провести проверку.
вероятно для получения объяснения.
Допрос производится в рамках возбужденного уголовного дела.