Можно пойти следующим путем
1. Получить в ТП УФМС (паспортном столе) справку (выписку) с 1991 года - по каким адресам данное лицо было прописано (зарегистрировано) в период с 1991 по 1994 год. О прописке в обязательном порядке делалась отметка в паспорте, соответственно восстановить эти сведения будет возможно.
2. Если первая и вторая квартира были в одном городе, то соответственно получить справку в департаменте муниципального жилья этого города (может называться иначе) о том, что данное лицо не участвовало в приватизации в этом городе. Если города разные - в обоих городах.
3. Как вариант - сделать запрос в Росреестр об имуществе, зарегистрированном на данное лицо. Данные сведения предоставляются в форме выписки о правах отдельного лица на имеющиеся или имевшиеся у него объекты недвижимого имущества. Делать данный запрос следует жене самостоятельно, данные сведения третьему лицу не выдадут.
4. Если откажут в заключении договора передачи квартиры (приватизации) после предоставления всех этих сведений, то оспорить этот отказ и понудить к заключению договора в судебном порядке.
Исходя из практики, думаю, что шансы есть.
Вопрос, а в паспорте регистрация с 1991 г. по 1994 г. стоит? Я так поняла, что с регистрационного учета Вашу жену сняли без ее ведома.